Владимир Владимирович Обыденов активно и на протяжении длительного времени занимается благотворительностью. На собственные деньги создал и содержит не только Российско-иранский деловой совет при ТПП РФ, но и его филиалы в Санкт-Петербурге, Самаре, Астрахани, Волгограде, Новороссийске. Регулярно выделяет гранты на оплату труда персонала этих учреждений.
Регулярно финансово и материально помогает Русской православной церкви Московского Патриархата, в том числе жертвуя значительные средства на восстановление храмовых церковных комплексов и оказание помощи нуждающимся прихожанам и их семьям.
На общественных началах и за свой счет выполняет различные работы в Российско-иранской Межправительственной комиссии по торгово-экономическому сотрудничеству, в Исполнительном комитете Российско-иранской Комиссии высокого уровня по научно-техническому сотрудничеству, в Рабочей группе по межбанковскому сотрудничеству с Ираном при ЦБ РФ, в Общественном совете при Федеральной Таможенной Службе России, в Общественном совете ФТС РФ (Региональным представителем которого по Южному федеральному округу он является), в Рабочей группе по развитию международного транспортного коридора «Север-Юг» при Министерстве Транспорта РФ, в Рабочей группе Президиума Государственного совета РФ, в Финансово-банковской ассоциации при ЕАЭС, членом которых является.
На собственные средства финансировал издания двух учебников турецкого языка: «Турецкий язык: читай, учи, люби» и «Учебно-методический комплекс. Турецкий язык. Работа с художественными текстами», утвержденными к печати решением ученого совета Института стран Азии и Африки МГУ им. М.В. Ломоносова.
Активно поддерживает творчество и развитие детей, финансируя деятельность конкретных детских музыкальных кружков и детских спортивных секций в Новороссийске и Москве, в том числе и финансируя выезды первых в города России с концертами, а вторых — на соревнования и рекреацию.